广东是西南五省的政治军事中枢。广东内部也有三角斗争，所不同于四川的，只是没有发展成为军事冲突。

段祺瑞对广东也是采取从堡垒内部分化“敌人”和从外部施加压力的双重手腕，除利用龙济光残部外，还收买了部分投机军人为内应，并利用地方派军人的排外主义，企图造成广东内部主客军互相混战的局势，为北军创造乘虚而入的有利条件。北洋派占领区福建、江西两省都毗连广东，在段的规划中，这是进攻广东的两条路线，还有从海道运兵在广东沿海地区登陆的第三条路线。但江西督军陈光远属于直系，而直、皖两系在对南方的政策上存在分歧，所以江西不能作为出兵的主要路线。如果北军攻下湖南，湖南是可靠的第四条路线。

广东有几种不同的势力，经常处于明争暗斗中。桂系军阀广东督军陈炳焜自居为广东的统治者，省长朱庆澜也有兵权，并联合地方派军人共同对抗桂系，因此形成了省长与督军、地方派军人与桂系军阀的斗争。驻防北江的滇军约有两师兵力，是孙系国民党在广东的军事基础。地方派军人有时与国民党联合以对抗占有优势的桂系军阀，有时又在南方与北方之间、国民党与桂系之间摇摆不定。

两广是在督军团叛变和国会被解散的时期宣布“自主”的。北京复辟时期，桂系虽然高唱出兵，但主要目的在于利用时机统一广东军权，铲除异己势力。驻粤滇军以及省长所属的警卫军在桂系的歧视和高压下，也想假借北伐之名，向外发展，但桂系又不给以必要的军事装备。所以滇军的领导者李烈钧忿然指出，陆荣廷躲在故乡武鸣装病，坐失北伐时机，致使段祺瑞得以玩弄政治手腕，重登政治舞台。

桂系对于异己军事势力的军费，从来采取了不过问的态度，逼得驻防各县的地方军纷纷就地筹饷，朱庆澜以省长名义发行救国公债，滇军守提印花税甚至公开扣留鸿安公司的鸦片土膏以充军费[3]。桂系利用这些事实打击他们，对广东人民宣称，只有大举裁减这些横征暴敛的军队，才能减轻人民的负担。但是广东人民更加清楚地认识到，桂系在广东搜刮民脂民膏，养活骑在人民头上的桂军，官吏贪污腐化，他们才是人民最主要的敌人。

北京复辟时期，朱庆澜派人到上海联系孙中山，同意以广州为护法根据地。七月十日，孙中山率领应瑞、海琛两舰到汕头，十三日派章太炎先到广州接洽。这时，朱庆澜派警卫军统领魏邦平兼任警察厅厅长，以加强对广州的控制，大批滇军也由北江开到广州郊外来，广州局势顿趋紧张。桂系当然不欢迎孙中山到广州，但又不便公开拒绝，同时还想利用孙中山到广州作为对北京政府讨价还价的资本，所以十七日孙中山到广州时，陈炳焜还和朱庆澜一道前往江岸迎接，并且参加了黄埔公园的欢迎会。

孙中山在欢迎会上发表演说，揭破了复辟是北洋军阀所布置的政治圈套，指出了洪宪王朝的佐命者和宣统伪帝的辅佐者同样是不可赦的帝制犯。他十分激动地说：“段祺瑞引用段芝贵、倪嗣冲这些复辟派做讨逆军统帅，以逆讨逆，忠奸不分。今天的中国，不是复辟与共和之争，而是真共和与假共和之争。今天真复辟者少，假共和者多。”

七月二十一日，前海军总长程璧光和海军第一舰队司令林葆怿联名通电宣布自主，提出拥护约法、恢复国会、惩办祸首三项主张，并率领海军第一舰队由吴淞口外开赴广州。这是孙中山与驻沪海军预先约好的一个步骤。海军第一舰队南下护法，使段大为震动。段内阁为了保持海军的体系，立即调升第二舰队司令饶怀文为海军总司令，并以林颂庄、杜锡珪为第一第二舰队司令。

海军南下护法，也使视广东为其外府的桂系同样吃惊。

朱庆澜原是段内阁派到广东来作为北洋派的内线的。他公然倒在孙中山的一面，使段大为忿怒，因此七月二十六日发表广东省长朱庆澜与广西省长刘承恩对调的命令。这是一石两鸟之计，因为朱庆澜不能把广东省长所统率的警卫军带往广西，而朱庆澜离开广东，孙中山也将失去一个有力的拥护者。朱庆澜以广东自主为理由，拒绝接受这个命令。

其实，两广宣布自主是桂系军阀的一种政治投机手腕。“独立”和“自主”本来应当无所区别。当初桂系军阀不称“独立”而称“自主”，就是别有用心。他们把“自主”解释为“半独立”，与完全独立不同。原来他们对北京政府采取了联冯反段的策略，在半独立的形式下，对于北京政府命令，可以根据自己的利益来决定接受与否。例如八月十四日北京政府公布对德宣战时，陈炳焜竟将这个命令抄致广州领事团，同时还用“奉大总统令对德宣战”的字眼，发布对内文告。当到粤国会议员推举代表向他提出质问时，他还强词夺理地说：“我们反对非法内阁，并不反对代理总统。传达总统命令，并不违反自主精神。”议员代表邹鲁站起来说：“大家知道，北京政府现在采取的是责任内阁制，总统的命令都是根据内阁的决定发布的。”这样一说，弄得陈炳焜面红耳赤，大家不欢而散。

孙中山到广州后，国会议员响应护法号召，先后来到广州的有一百三十余人。八月十八日，孙在黄埔公园设宴招待，讨论召开国会问题。由于北京政府千方百计地阻挠议员南下，到粤议员不足法定人数，不能召开正式国会，便决定采取法国的先例，召开非常会议，由非常会议制定军政府组织大纲，推举军政府首长，在约法未恢复效力以前，军政府为西南各省的中央政府。

孙中山到广州还不过一月，就有国会议员和海军、滇军被吸引到护法旗帜下面，广东地方派军人或者同情护法，或者采取中立的态度，形成了不可忽视的力量。陈炳焜对孙中山在广州组织政府的问题不敢作主，便亲自到梧州向陆荣廷请示。这个城府甚深的桂系首领认为：组府问题已经快要成熟，既不应施以压力阻止它的产生，也不应采取放任的态度，关键问题在于不让这个政府拥有丝毫权力。他又认为：对付孙中山的问题还在其次，主要是要把拥护孙中山的朱庆澜排斥出去，并且把地方派军人争取过来，这是一个釜底抽薪的策略。

陈炳焜回到广州来，就迅速执行了这个策略，用省长的地位诱惑地方派军人首领、肇阳罗镇守使李耀汉驱逐朱庆澜。李耀汉不愿放弃兵权，要求以省长兼任镇守使，陈炳焜表示可以接受。

由于李耀汉态度的转变，朱庆澜站不住脚，便向省议会提出辞职，准备将省长亲军二十营交与孙系国民党军人陈炯明接统。这批军队本来是前任都督龙济光被迫下台以前，朱庆澜以省长名义先到广州来接收的“警卫军”。当时的兵额有四十营，接收后编为省长直辖的地方保安部队。广东宣布自主时，督军陈炳焜假口军事时期，军权必须统一，要求接收这批军队，朱庆澜被迫交出二十营，仍留二十营改编为“省长亲军”，委任陈炯明为亲军司令。陈炳焜坚持必须全部接收，改聘陈炯明为督署高等顾问，但是朱庆澜不肯放手。这个问题经过长期争执，一直没有解决。现在朱庆澜已经到了必须下台的地步，乃邀请国民党军人程璧光、李烈钧、陈炯明等举行密谈，打算改编亲军为海军陆战队，仍以陈炯明为司令，名义上归程璧光节制指挥。程璧光是国民党内著名的“好好先生”，桂系对他没有恶感，而且又是海军领袖，朱庆澜想利用他的掩护使这支武力不至落入桂系之手。

八月二十六日，朱庆澜将省长印交与省议会，完全不理睬陈炳焜，就到香港去了。陈炳焜深恨朱庆澜，当天在布告中骂他“私人出走，有心扰乱治安”。

二十七日，省议会选举胡汉民继任省长。省长由省议会选举产生，在法律上是没有根据的，在事实上却早已成为独立省区的一个公例：从辛亥革命、国民党“二次独立”一直到反对洪宪帝制时期，由于独立省区脱离了当时的中央政府，一省军民首长在形式上都是由省议会推选的。广东省议会正是根据这个成例进行了省长的选举。省议会选举胡汉民为省长，理由是胡汉民做过第一任广东都督，又是广东的知名之士。实际上这是抵抗桂系军阀的一种表现，因为胡汉民是国民党的健将。

桂系当然不能容许有一个比朱庆澜更不合意的省长，当天陈炳焜派人到省议会夺去了省长印，并以督军命令接收了省长亲军。

陈炳焜早已向北京政府保举李耀汉为广东省长。这在段内阁是一件喜出望外的事情。一个自主省区公然向北京政府保荐省长，北京政府不能不引为“荣幸”。段正在力图扩大广东内部的矛盾，不论桂系保举阿猫阿狗，哪有不欣然同意之理。八月三十一日，北京政府发表命令，任命李耀汉为广东省长，仍兼肇阳罗镇守使。

省长问题虽是广东三角斗争中最突出的一个问题，但是这时孙系国民党正在忙于组府工作，愿意对省长问题让步，以交换桂系对组府问题不加干涉。胡汉民向省议会辞谢省长，并举李耀汉为代，而省议会也就虎头蛇尾地改选李耀汉为省长。陈炳焜、李耀汉都不肯买这笔账，九月五日他们公然联名向北京“大总统”呈报省长接替的情形，这又充分暴霜了“自主”是一个骗局。

八月三十日，非常国会通过军政府组织大纲十三条。九月一日，根据这个大纲选举大元帅，孙中山在九十一票中以八十四票当选。次日补选元帅二人，陆荣廷以七十六票、唐继尧以九十三票当选。大元帅下设两个元帅，用以交换西南两大军阀对军政府的支持，这一措施充分表现了当时国民党处境的尴尬和它的软弱性。

但是示弱是得不到什么东西的。九月二日陆荣廷致电非常国会，反对另组政府，主张“总统复职”，同时通电全国声明“以后广东无论发生何种问题，概不负责”。非常国会对这一公开反抗行为不但不敢加以谴责，反于九月三日补作一项决定，迎接黎元洪南来继续执行总统职权。孙中山也通电表示了迎黎的态度。

国民党希望唐继尧能够有较好的态度。九月八日唐继尧也来电不受元帅。非常国会和孙中山除去电加以劝勉外，还派章太炎为劳军使，携带元帅印到昆明，请唐接受。

九月八日陈炳焜招待广州报界人士表示态度。他对“自主”的定义做了进一步的赤裸裸的解释，认为“自主和独立有区别，独立是与中央政府断绝一切关系，形成国内之国；自主就是自治，对于中央政府不合理的部分可以反对，但不反对它的合理的部分”。他举出具体的事例来说：“冯代总统的地位是合法的，段内阁的地位是非法的，所以我们反段而不反冯。”关于在广州组织军政府的问题，他露骨地表示：“我不能表示赞成的态度，也不愿采取干涉的态度。但是广东人民不能担负军政府和非常国会的经费开支。”

从“自主”的解释中，人们找不出桂系军阀除在形式上标榜不同的名词而外，在实质上与各省北洋军阀有何不同。各省北洋军阀对待北京政府的态度，也正是接受其有利于己的措施，而反对其不利于己的措施。对于已经产生的军政府，桂系的态度也十分明显，并不采取暴力手段来消灭它，而是采取经济手段来扼杀它。

只要桂系不采取暴力手段，孙中山总不肯放弃其组府工作。九月十日军政府宣告成立，孙中山就大元帅职，陈炳焜、李耀汉都不去参加典礼。同一天，非常国会选出唐绍仪、伍廷芳、孙洪伊、张开儒、程璧光、胡汉民分任财政、外交、内务、陆军、海军、交通各部总长。孙中山以大元帅名义任命李烈钧为参谋总长、林葆怿为海军总司令、方声涛为卫戍总司令、李福林为亲军总司令、章太炎为秘书长、许崇智为参军长、李耀汉为筹饷总办。

这些命令显示出孙中山仍在与桂系军阀进行不公开的斗争。陈炳焜夺去了省长亲军，他就任命地方派军人李福林为亲军总司令，陈炳焜拒绝担负军政府和非常国会的经费开支，他就借重李耀汉筹饷。但是李福林并未被吸引过来，李耀汉也不肯替军政府筹饷。

军政府宣告成立后，两个元帅和一些总长都不肯就职，甚至滇军师长张开儒也不就陆军总长。孙中山竭力拉拢唐继尧，派为川、滇、黔三省靖国军总司令以满足其欲望，但是唐继尧要自立为王，并不表示合作。

在对外政策上，军政府尾随北京政府之后，在九月二十六日公布对德宣战，并且承认军政府成立以前帝国主义强加于中国的既成条约。但是帝国主义并不以它为外交对象。

军政府对军阀的让步，只是助长了西南军阀的更高气焰和对军政府的更加轻视；对帝国主义表示妥协，只是得到冷淡的回答。

军政府成立后，段祺瑞气冲冲地要下命令通缉孙中山和非常国会议长吴景濂。冯国璋不肯用命令的形式发表，改由北京总检察厅以“背叛民国”罪提起公诉，由司法机关行文全国通缉孙中山。段对这个办法很不满意，到九月二十九日，冯终于被迫下令通缉孙中山。

军政府也下令通缉段祺瑞、梁启超、汤化龙、倪嗣冲四人以示报复。